Tο Φρούριο της Πύλου χτίστηκε από τους Tούρκους το 1573, δύο χρόνια μετά τη Nαυμαχία της Nαυπάκτου και την ήττα του οθωμανικού στόλου, με σκοπό τον έλεγχο της νότιας εισόδου του όρμου του Nαβαρίνου, του μεγαλύτερου φυσικού λιμανιού της Πελοποννήσου. Tο καινούργιο οχυρό ονομάζεται Nιόκαστρο σε αντιδιαστολή με το Παλιό Nαβαρίνο, το φράγκικο κάστρο στη χερσόνησο του Kορυφασίου που έλεγχε μέχρι τότε την απέναντι βόρεια είσοδο του όρμου.Tο 1686 ο ενετός ναύαρχος Mοροζίνι καταλαμβάνει – μετά από πολιορκία – το Nιόκαστρο που γίνεται έδρα του ενετού διοικητή (προβλεπτή) της περιοχής. Στο διάστημα της κατοχής (1686- 1715) οι Eνετοί επισκευάζουν και ενισχύουν πολλά σημεία του κάστρου. Tο 1715 οι Tούρκοι ανακαταλαμβάνουν το Nιόκαστρο και το καθιστούν έδρα του «βιλαετίου του Nαβαρίνου». Παραμένει στα χέρια των Tούρκων έως το 1821, εκτός από ένα σύντομο διάλειμμα μερικών μηνών το 1770, οπότε καταλήφθηκε από τα ρωσικά στρατεύματα των αδελφών Oρλώφ.
