Η Αρχαιολογική Συλλογή Ιεράπετρας άρχισε να συγκροτείται στα τέλη του 19ου αιώνα, όταν φιλάρχαιοι κάτοικοι της πόλης ίδρυσαν το Φιλεκπαιδευτικό Σύλλογο Ιεράπετρας, με σκοπό την περισυλλογή και τη διαφύλαξη των αρχαίων της περιοχής και τη δημιουργία μουσειακής συλλογής. Όσα αντικείμενα αυτού του πρώτου πυρήνα διασώθηκαν από συνεχείς λεηλασίες και καταστροφές και όσα συγκεντρώθηκαν από νεότερες παραδόσεις και ανασκαφές στην περιοχή του Δήμου Ιεράπετρας, χρονολογούμενα από τις αρχές της 3ης χιλιετίας π.Χ. έως τον 5ο αι. μ.Χ., συνιστούν τη Αρχαιολογική Συλλογή Ιεράπετρας, που σήμερα στεγάζεται στο διατηρητέο κτίριο της Οθωμανικής Σχολής ή Μεχτέπι, χτισμένο το 1899.
