Τον Αύγουστο του 1906 ο επιχειρηματίας Αλέξανδρος Πασχάλης ανέλαβε με δική του δαπάνη την ίδρυση κτιρίου για τη στέγαση Αρχαιολογικού Μουσείου, Βιβλιοθήκης και Αρχειοφυλακείου στη Σάμο. Ο θεμέλιος λίθος τοποθετήθηκε με εντυπωσιακή τελετή στις 16-8-1909 και το 1913 το κτίριο ήταν έτοιμο. Μετά το Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο, με τη μεταφορά του Αρχειοφυλακείου και της Βιβλιοθήκης σε άλλο κτίριο, το Μουσείο πήρε τη σημερινή του μορφή. Η πρόοδος των ανασκαφών στο Ηραίο όμως έκανε επιτακτική την ανάγκη προσθήκης δεύτερου κτιρίου που έγινε με δαπάνη της Volkswagen και εγκαινιάστηκε τον Ιούνιο του 1987.