Το Μουσείο της Προϊστορικής Θήρας φιλοξενεί ευρήματα που προέρχονται από τις ανασκαφές της Εν Αθήναις Αρχαιολογικής Εταιρείας στο Ακρωτήρι και τις παλαιές ανασκαφές του Γερμανικού Αρχαιολογικού Ινστιτούτου στη θέση Ποταμός, από τις ανασκαφές της ΚΑ΄ Εφορείας Αρχαιοτήτων Κυκλάδων και Σάμου σε διάφορες θέσεις της Θήρας, από περισυλλογές και παραδόσεις.
