Το Αρχαιολογικό Μουσείο Κισάμου στεγάζεται στο ενετοτουρκικό μνημείο της πόλης που είναι γνωστό ως Διοικητήριο. Βρίσκεται στο χαρακτηρισμένο ως παραδοσιακό τμήμα της πόλης, στη θέση που καταλάμβανε ο οικιστικός πυρήνας της ενετοκρατίας, έξω από το βενετσιάνικο κάστρο, το “Castel Chissamos” από το οποίο προέκυψε και η προηγούμενη ονομασία της πόλης, Καστέλλι. Κατά την τουρκοκρατία το κάστρο διευρύνθηκε και έκλεισε μέσα στην περίμετρό του και το Διοικητήριο. Στη μακραίωνη ιστορία του το μνημείο δέχτηκε πολλές επεμβάσεις, από τις οποίες οι πιο πρόσφατες (2000) αφορούσαν στην προσαρμογή του στη νέα χρήση του ως Αρχαιολογικού Μουσείου, για να φιλοξενήσει τα αρχαιολογικά ευρήματα της πόλης αλλά και της ευρύτερης περιοχής της Κισάμου. Τα εκθέματά του παρέχουν μια διαχρονική εικόνα της ιστορίας της περιοχής από την προϊστορική εποχή μέχρι και την ύστερη αρχαιότητα, δηλαδή τους παλαιοχριστιανικούς χρόνους.
