H Βυζαντινή και Μεταβυζαντινή Συλλογή Χανίων φιλοξενείται από το 1997 στο καθολικό της μονής του San Salvatore, δίπλα στον ομώνυμο προμαχώνα, στη δυτική πλευρά των ενετικών οχυρώσεων. Στη νότια πλευρά του μνημείου σώζεται ακόμη η σκεπαστή στοά (chiostro), όπου υπήρχαν τα κελιά των Φραγκισκανών μοναχών.