Το Αρχαιολογικό Μουσείο Χανίων στεγάζεται στο καθολικό της ενετικής μονής του Αγίου Φραγκίσκου από το 1963. Η έκθεση χωρίζεται κατά πλάτος σε δύο ενότητες: στο ανατολικό τμήμα εκτίθενται ευρήματα της ύστερης νεολιθικής εποχής και της χαλκοκρατίας (μινωικοί χρόνοι) και στο δυτικό, ευρήματα της εποχής του Σιδήρου (ιστορικοί χρόνοι).
