Το πρώτο Μουσείο ιδρύθηκε στις αρχές του 20ού αιώνα από τον αρχαιολόγο W. Dörpfeld στην Αγ. Κυριακή στο Νυδρί. Πριν το Β΄ Παγκόσμιο πόλεμο τα πολύτιμα κοσμήματα μεταφέρθηκαν στο Εθνικό Αρχαιολογικό Μουσείο, όπου και εκτίθενται. Μετά τους σεισμούς του 1955 τα ευρήματα μεταφέρθηκαν σε αποθήκη και αργότερα στη Δημοτική Βιβλιοθήκη, ενώ επανέκθεση πραγματοποιήθηκε το 1978. Τα συνεχώς αυξανόμενα ευρήματα των ανασκαφών κατέστησαν αναγκαία τη δημιουργία ενός μουσείου με σύγχρονες μουσειολογικές αντιλήψεις. Χάρη στην προσφορά του Δήμου Λευκάδας, από το 1999 το Αρχαιολογικό Μουσείο στεγάζεται στο κτήριο του Πολιτιστικού Κέντρου.
